Главный герой серии, подросток Наруто Удзумаки, является носителем девятихвостого демона-лиса, запечатанного в его теле. За двенадцать лет до начала событий, излагаемых в манге, демон-лис напал на деревню Скрытой Листвы (яп. 木ノ葉隠れの里 Конохагакурэ но сато?, или просто Коноха[10]), родную деревню Наруто. Ради спасения Конохи четвёртый хокагэ, глава селения, пожертвовал жизнью, чтобы запечатать дух зверя внутри своего новорождённого сына Наруто. Хокагэ желал, чтобы люди считали Наруто героем, поскольку отныне он сдерживал мощь девятихвостого лиса, однако население деревни восприняло Наруто как демона во плоти и возненавидело его. Поскольку упоминать об атаке лиса было запрещено, Наруто узнал о своей необычности лишь случайно, годы спустя.
  По мере развития сюжета Наруто находит новых друзей среди жителей деревни и овладевает новыми способностями, считая их необходимыми для того, чтобы в будущем исполнить свою мечту — стать хокагэ. Вскоре Коноха подвергается атаке: беглый ниндзя и разыскиваемый преступник Оротимару вместе со своими приспешниками нападает на селение, убивая его главу — третьего хокагэ. Будучи в состоянии меняться телами с другими людьми, Оротимару желает заполучить тело Саскэ Утихи, считая его наследственные способности подходящими для себя, так как Саскэ является представителем клана Утиха, наиболее одарённого среди ниндзя. Саскэ добровольно уходит к Оротимару, полагая, что тот даст ему возможность стать сильнее и отомстить своему старшему брату Итати. До начала событий манги Итати уничтожил весь клан Утиха за исключением Саскэ, для которого месть превратилась в смысл жизни. Наруто, желая вернуть ушедшего Саскэ, покидает Коноху и посвящает себя тренировкам. Он занимается с легендарным ниндзя Дзирайей, бывшим товарищем Оротимару, чтобы подготовиться к следующей встрече и возможной битве с Саскэ.
  И вот он ждет приказа Цунаде-сама найти Саске,но все миссии были провалены.И ксожелению по вене Наруто,что было случайностью.Теперь он просто выполняет простые и важные миссии.Они незаметно растут.Наруто и все его одноклассники.Что с ними будет сейчас?....